La entidad fue vinculada a un proceso contra la Nación, al igual que contra los ministerios de Minas y Energía, Ambiente y Desarrollo Sostenible y Defensa Nacional; las agencias de Licencias Ambientales y de Minería y Codechocó, entre otros.
El Departamento para la Prosperidad Social fue vinculado a un proceso de reparación directa contra la Nación en cabeza de algunos ministerios y agencias del Estado, como consecuencia de la minería ilegal realizada en el departamento del Chocó.
Dentro del proceso, el Juzgado Segundo Administrativo Oral del Circuito Judicial de Quibdó ordenó de oficio a las entidades demandadas realizar un estudio de impacto ambiental en la zona de Istmina y Medio San Juan, el cual debía realizado por la Universidad Tecnológica del Chocó, estudio que ascendía a la suma de 5.000 mil millones de pesos.
Prosperidad Social no tiene relación con la actividad minera directamente, pero fue vinculada por los demandantes y, por tanto, debía asumir las consecuencias derivadas de los fallos.
La Oficina Asesora Jurídica de Prosperidad Social procedió a asumir la defensa y presentó una acción de tutela, por cuanto consideró que dicha orden era improcedente y vulneratoria al debido proceso y al acceso a la justicia.
Esta acción fue coadyuvada por las entidades del orden nacional vinculadas al proceso.
El Tribunal Contencioso Administrativo del Chocó decidió confirmar la decisión, sin embargo, el Consejo de Estado en fallo de segunda instancia del 16 de mayo de 2019, finalmente la revocó y concedió el amparo al debido proceso y acceso a la justicia por considerar que la orden del Juzgado Segundo Administrativo de Quibdó era impertinente, inconducente e inútil para demostrar los hechos de la demanda.
